非居住者の源泉計算に関して

該当する件は「国内での役務提供の対価」であるため、国内源泉の対象であると思われます。
さらに「居住者として行つた勤務に基因する退職手当等」である為、居住者として受けたものとみなしてよいと思われます。（通常通りの給与及び退職金等として申告）

…ではありますが、珍しいケースではないかと思われますので、税務署へご相談いただくのが最善だと思います。
また、後学の為是非結果を教えていただきたいと存じます。


第三節　非居住者に対する所得税の分離課税
（退職所得についての選択課税）
第百七十一条 　第百六十九条（課税標準）に規定する非居住者が第百六十一条第八号ハ（居住者として行つた勤務に基因する退職手当等）の規定に該当する退職手当等（第三十条第一項（退職所得）に規定する退職手当等をいう。以下この節において同じ。）の支払を受ける場合には、その者は、前条の規定にかかわらず、当該退職手当等について、その支払の基因となつた退職（その年中に支払を受ける当該退職手当等が二以上ある場合には、それぞれの退職手当等の支払の基因となつた退職）を事由としてその年中に支払を受ける退職手当等の総額を居住者として受けたものとみなして、これに第三十条及び第八十九条（税率）の規定を適用するものとした場合の税額に相当する金額により所得税を課されることを選択することができる。

（給与等につき源泉徴収を受けない場合の申告納税等）
第百七十二条 　第百六十九条（課税標準）に規定する非居住者が第百六十一条第八号イ又はハ（国内において行う勤務に基因する給与等）に掲げる給与又は報酬の支払を受ける場合において、当該給与又は報酬について次編第五章（非居住者又は法人の所得に係る源泉徴収）の規定の適用を受けないときは、その者は、次条の規定による申告書を提出することができる場合を除き、その年の翌年三月十五日（同日前に国内に居所を有しないこととなる場合には、その有しないこととなる日）までに、税務署長に対し、次に掲げる事項を記載した申告書を提出しなければならない。