休職にかかわる欠勤と有給の考え方

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> 休職に関する規定の見直しを行っています。
> 現在は私傷病欠勤が３ヶ月以上続いた場合に休職となるよう規定していますが、この欠勤期間の取り扱いに頭を悩ませております。
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> そこで、いろいろな規定集を見たところ、以下のようなものを見つけました。
> これで行くと、欠勤が３ヶ月以上に及んだときは休職に入るので、問題はないのですが、例えば、欠勤３ヶ月未満で復職→連続６勤務日以上勤務で休職条件となる欠勤期間はクリアされるのですが、この連続６勤務日の全て、または一部に有給休暇を使用した場合も「連続６勤務日以上正常勤務（正常時間とは通常の 所定勤務時間以上をいう）」でいう、正常勤務と考えるべきなのでしょうか？
> これを正常勤務と考えると、欠勤期間のカウントがまた１からに戻ってしまいますし、かといって有給休暇の趣旨から言って有給休暇を正常勤務と認めないというのも問題がありそうで。。。
> 有給休暇を残して欠勤をとるということも本人の自由との解説をあちこちで見かけましたので、休職に入らないようにするため、悪意を持って有給休暇を間に挟んだ欠勤を認めざるを得ないのでしょうか？
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> 最近現在の規定を逆手にとって、有給を数日残して欠勤状態に入り、休職に突入する間に有給使用で欠勤期間が３ヶ月以上にならないので休職ではない、という事例が出てしまいましたため、休職前の欠勤期間の考え方を明確にしておきたいと考えています。
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> （休 職）
> 第●条 社員が次の各号の一つに該当するときは休職とする。
> （１） 業務外の傷病により欠勤し、引続き療養期間が３カ月以上に及んだとき。
> （２） 自己の都合により欠勤し、引続き１カ月以上に及んだとき。
> （３） 刑事事件に関し起訴、拘留されたとき。
> （４） 前各号の他特別の事由があって会社が必要と認めたとき。
> ２． 第１項第１号及び第２号の欠勤中の従業員が出勤を開始する場合、連続６勤務日以上正常勤務（正常時間とは通常の 所定勤務時間以上をいう）をしなければ、欠勤期間は中断されないものとし、正常出勤期間を除き前後を通算する。
> ３． 第１項第１号による休職者は毎月病状の診断書を提出し、また前項第２号による休職者は毎月動静を会社に報告しなければならない。

こんにちは。
復帰後の６連続出勤がある意味欠勤の原因となった傷病の治癒等の証明としているならば、年次有給休暇の取得は明かしいです。認めるべきではないと思います。これは不利益というよりも欠勤事由を証明するための期間なので、年次有給休暇は認めないという意見が通るとは思いますが、一度監督署に聞かれた方が良いとは思います。