業務委託契約の印紙税について

委任（正確には準委任）契約であれば、契約期間が１年間でも自動更新になっても不課税です。税務署で確認していただき、準委任と判断されたのであれば問題ありません。
もし、税務署に契約書を見ていただいていないのであれば、念のため見てもらった方がいいと思います。準委任か請負かの判断は微妙なことが多いです。

税務署が見る委任契約か委託契約かは微妙なところがあります。

片務契約：双務契約
無償：有償

が判断の分かれ目のようです。報酬として金銭の支払いがあるのであれば、後者とみなされる場合が強いようです。個別なら２号文書、基本となる継続取引を定めた文書なら７号文書でしょう。

実の契約書を見てもらったところ問題はなかったのですが、これが業務委託個別契約書であったため、業務委託基本契約書がどうなっているのかにより印紙税も変わってくるとのことでした。
結果的には業務委託基本契約書が7号文書に該当してしまったため、業務委託個別契約書は準委任であるか否かによらず課税文書になるということでした。
ということは、実態が準委任にも関わらず基本契約書があるがために課税対象にされてしまうことにはどうも納得ができないのですが、これを回避するには基本契約書を作らないようにするか、あるいか個別契約の際に基本契約に盛り込むべき内容を個別契約に個々に盛り込むかで対処するしかないかと思っていますが、このような対処の仕方は問題ないでしょうか。

原則、契約は双方の合意（無形）で成立します。それを書面・契約「書」（有形）にすれば、課税文書なら印紙税納付の義務が発生します。

書面作成納付するか、作成せず課税を回避することにより双方の不合致で生じるであろう訴訟リスクを背負い込むか、質問者さんの判断なされるところによります。

なお7号文書でも不該当は、「３ヶ月以内」かつ「更新条項なし」に限ります。

http://www.nta.go.jp/taxanswer/inshi/7104.htm

結論から言えば、基本契約に盛り込むべき内容を都度個別契約に盛り込んでおけば、その契約が準委任契約であれば、不課税になりますし、法的にも問題はありません。
また、必要事項を盛り込んでおけば、訴訟、トラブル等のリスクも生じません。ただ、基本契約は、毎回詳しい契約を締結することを省略する目的で締結することが多いのですが、個別契約の頻度が多くなければ、基本契約の必要性も下がってくるかもしれませんね。