みなし残業手当について

貴社でいう外勤手当や内勤手当が、
みなし残業代に相当するものであることは明示されていますでしょうか？
もし、みなし残業代に当たるものであることが明示されていない場合は、
みなし残業代として扱うことはできません。
それとは別に、実際の残業時間に応じた時間外手当を支払う義務があります。

きちんとみなし残業代に当たるものであることが明示されている場合、
実際の時間外労働の時間数を元に計算した額が、みなし残業代の範囲内で収まっているときは、
確かに別途残業代を支払う必要はありません。
（すでに支払うべき残業代以上の額が、みなし残業代として給与に含まれているからです）
逆に、みなし残業代の額をオーバーしている場合は、
別途不足分を支払わなくては労働基準法違反になります。
（時間外手当の一部未払いが発生していることになる）
したがって、みなし残業代が支払われているケースでは、
支払うべき時間外手当の額がみなし残業代の額をオーバーしていないかどうか、
しっかりチェックする必要があります。

また、労働基準法の規定を下回る就業規則等は無効ですから、
就業規則等に別途残業代は支払わないというような規定があったとしても、
この部分に関しては労働基準法の規定が適用されます。

【参考】
茨城労働局ホームページ内
http://www.ibarakiroudoukyoku.go.jp/soumu/qa/chingin/chingin06.html