はじめまして。
私の会社でも同じような事になっていて、
休業損害証明書を毎月書いています。
(ただ、こちらの場合、通勤途中の事故でしたが)
最初に保険会社の方が来られたので書き方を訊いたのですが、
付加給に該当するのは
手当(役職、家族、住宅…等)、交通費(通勤手当)、
残業・深夜・休日出勤等の割増賃金(つまり基本給以外全て)
との事でした。
また、こちらは訊いてはいないのですが、
住民税は毎回書かずに提出していますが
問い合わせ等来ていないので問題無いと思われます。
一応、事故相手方の保険会社さんに
お問い合わせされた方が確実だと思いますよ。