障害者雇用納付金制度について

はじめまして。

常用雇用者数が200名以下の場合、納付金申告は不要です。（法改正前の旧制度に基づく平成22年4月～6月のうち2箇月以上において常用雇用労働者<短時間労働者を含まない>数が300名を超えておらず、且つ新制度に基づく同7月～本年3月までの間で同200人を超える月が合計で4箇月を超えない場合）
同様に、今年度（7月～24年3月までの間）同200名を超える月が合計で4箇月を超える場合は来年度に申告が必要となります。
尚、貴社が法定雇用率を達成している場合報奨金の支給対象となる場合がありますので、その際は別途申請が必要となります。
（下記に詳しい説明があります。）
http://www.jeed.or.jp/disability/employer/koyounoufu/about_noufu.html

以上、ご参考まで。

重複する部分がありますが簡便に

毎年６月を基準にか、年次の報告していませんか？

おそらくそれをもとに、分厚い納付金制度を網羅した手引きが年度末に送られてきます。それで、前年度にあたる４月から３月までの各月の人数・法定数を算出し、納付対象になるか判定できます。