従業員の退職に際しての各種届出事項について

> ２の厚生年金等社会保険にかかる資格喪失の際、
> 被保険者の奥様が扶養に入っている場合は何か特別な届けが必要でしょうか？記憶が確かであれば、3号被保険者の異動届？のようなものがあったと記憶しているのですが…。

被保険者が次にどの健康保険・社会保険に入られるかによります。
間をあけずに転職されるのであれば、転職先で3号の被保険者として受入の手続きがとられます。これは転職先が手続きをしてくれます。
被保険者が就職されずに国民健康保険に入られるのであれば、奥様は第1号として社会保険庁へ種別変更の手続きが必要になります。第3号被保険者が第1号被保険者に変更される際は必ずご自身で手続きが必要なので（会社が行えることではないので）、手続きが必要な旨を被保険者にお伝え下さい。
以下、ご参照ください。サラリーマンの妻の扱いについての記載です。
http://www.dcnavi.jp/shinkin/Mn0200/Mn0204/html/204c02.html

被保険者の資格喪失届で奥様も自動的に資格を喪失されます。種別変更の手続きをとらないと未払い扱いとなり、年金受給に不利益を被られます。
会社として行うのは「被保険者の資格喪失」と「奥様の年金の種別変更が必要であれば手続きをするように伝える」ことでよいかと思います。