退職理由について

まず、派遣社員ですので、契約更新をしなければ良いだけの話ではないかと思います。退職理由というか、契約更新拒否の正当な理由ではないかと考えます。

契約期間中の契約解除の場合は、派遣元と状況について話し合う必要があります。

職場環境は、なかなか変えにくいものですし、雇用形態も派遣であれば、自らが身を引くほうがご自身にとっても良いと思います。会社と交渉するパワーも結構疲れますからね。

また、予断ですが、企業は↓のガイドラインに沿って分煙する方向で進められていますので、人事担当に話す機会があったら言ってみたらどうですか？
http://www.mhlw.go.jp/houdou/2003/05/h0509-2.html

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今の派遣先は小規模の有限会社で社長自ら愛煙家という事で派遣社員の私からはなかなか言いにくいものがあります。
最近肺の調子が悪いので 病院へも行きましたが 体には害はなくそこの会社に何十年もいない限りは問題ないといわれましたが、私は精神的にも限界きてるので 派遣元に契約期間中でも移動したと話たいと思います。
今の派遣元の会社の人事には一応タバコでつらいと話ましたが 社長が吸う為その人も言いずらいみたいで何も解決なりませんでした。 その様な場合は契約途中でも正当理由とできるのでしょうか？

タバコによる体調不良ということであれば、無理強いは出来ないのではないかと考えますが、現に今まで勤務してきてすぐに、契約を終了したいと言われても、派遣元の担当者も困ってしまうと思います。

残存契約期間にもよると思いますが、ある程度の期間（契約終了を伝え、後任が決まり、引継ぎ？が出来る程度まで）は我慢すべきです。

派遣先の業務も考え、よい落とし所を考えたほうが良いと思います。