事務当直てあてについて

はじめまして。
文面から察して、御社での当直手当は時間外割増賃金の定額払い的な役割を担っているという仮定で回答させていただきます。

①について、
規定（就業規則）は労働条件の最低基準を示すものなので、手当規定に「○○の場合はこの限りではない」というような記載があれば、例外的に規定以上の手当を支払うことは問題ないかと思います。ただし、今回のような例外的な取り扱いが多数の従業員に対して恒常的に行われている場合は、そちらが慣行として認められ最低基準とみなされることがあるかもしれませんので注意していただく必要があるかと思います。

②について、
手当の金額が割増賃金額を下回っているのは違法です。
割増賃金額を計算し、手当との差額分を別途支払う必要があります。
また、規定（就業規則）または契約書に「事務手当は○時間分の割増賃金の定額払いとして支給する」ということを明示していない場合は、残業代の定額払いと認められないという判例があります。
この場合は争いになった際に割増賃金の全額またはそれ以上の付加金の支払いを命じられる場合がありますので、明示されていない場合は規定や契約書の整備を行っていただく必要があるかと思います。

以上ご参考になれば幸いです。