システム開発での委託契約方法について

レスがつかないようなので。

準委任契約でも指揮監督はできません。
社員同様の扱いをするのであれば直接雇用するしかないでしょう。

委託したい内容を分析し再考してはいかがでしょうか？
質問を読む限り御社の必要性がなくなるような気がします。

> 協力会社へ下記のような業務をお願いしたいのですが、偽装請負にならないように依頼したいと考えております。
> 適切な対応方法を教えていただけないでしょうか。
>
> ■協力会社へお願いしたい作業
> プログラム開発業務のプロジェクトを立ち上げるために、協力会社へ当社に常駐していただき当社の社員同様の立場で、お客様に訪問し要件調整や会議を一緒に対応していただきます。
> プロジェクトが立ち上がったら協力会社へ持ち帰っていただき、そのまま開発を実施していただきます。
>
> ■契約について
> この場合、プロジェクトがまだ立ち上がっていないため、当初から一括の請負契約では、発注することが出来ません。
> また、請負契約の場合、指揮命令の関係で、偽装請負になるのではと思われます。
>
> このことからプロジェクトが立ち上がるまでは、準委任契約で依頼し、プロジェクトが立ち上がった時点で、契約を請負契約に切替て対応するとは、問題ないのでしょうか。
>
> また、当初から請負契約で依頼した場合、どのようなことに注意すれば対応が可能になるのかご教授願います。
>
> 例
> ６月１日～６月２５日：準委任契約
> ６月２５日～１０月３０日：請負契約

rentoさんがお答えのように、偽装請負というのは民法でいう請負契約についてのみ起きるものではありませんから、準委任契約にすれば回避できるというものではありません。自社が協力会社の労働者に直接指揮命令しないことが必要です。

プロジェクト開始前の段階では業務委託でなくコンサル契約にしておき、あくまで自社の要件定義の支援をしてもらうようにすればいかがでしょうか。また、常駐（特に１名の場合）は偽装請負が疑われやすいのでできるだけ回避し、必要な場合でも社員とはエリアを分けておくなどの配慮が必要です。

rentoさん、８８２３さん、ご回答いただきありがとうございました。
契約内容、契約方法等につき再度検討するように致します。