過半数代表者の選出について

なかなか難しい判断ですね。
行政通達によると、管理監督者とは「勤務態様」「職務内容」「責任と権限」「賃金等の待遇」の実態を見て判断されるとされています。
具体的に、管理監督者とは、労働時間の管理を受けておらず、管理職になったことで、賃金面で一般社員よりも相当の優遇措置が採られており、人事や業務遂行について指揮権限がある者ということが言えます。

通常、課長職とはその職責で業務を行う際に権限が与えられています。ほとんどの企業では、取引関係でその取引金額に要して行うことが多いでしょう。
お話で、何らの権限もなくとすれば過半代表者に準ずるとも思えますが、対外的な取引権限で確認することが必要でしょう。

選出過程で、当初会社指名でも、その後労働者の自治に委ねて民主的な選出に介入していなければ、問題がないことになっています。

会社サイドの管理職が過半数を占めている構造的な問題でしょう。