運賃の売り上げ計上に関して

「運賃」の範囲を、発送運賃に限るものとし、輸入運賃等の引取運賃は含まないものとして、回答します。

税務的には、売上計上は無条件で可能だと思います。

発送運賃を販売費とし、その顧客への請求を売上とすることは、むしろ税務の正当な処理方法と言えると思います。
その際、利益を上乗せするかどうか、あるいは反対に値引きをし別途請求とはしないでおくかといったことは、企業の任意です。
このうちの、実費の別途請求が、税務上例外的に立替金処理も認められる場合ということになります。
（税務とは言いましたが、厳密には消費税法です。法人税法なら、極端なことを言えば、所得が変わらなければ何でもありだと思います。）

https://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/tsutatsu/kihon/shohi/10/01.htm
上記の10－1－16（別途収受する配送料等）を参照。

会計的には、会計処理方法の変更について、監査への対応として理由の用意が必要かと思います。

立替金処理と比べた場合の税務上の損得は、特には思い浮かびません。お考えの通りかと思います。
（消費税の課税売上割合は若干高くなりますので、９５％ルールの改正との関係上、仕入控除税額が多く計算されることになります。余談ですが、会計上もやはり若干ながら、売上、売上総利益率共にアップします。）

ご回答、ありがとうございました。
　お礼を申し上げるのが遅くなり、すみません。