割増賃金の基礎となる賃金について

こんにちわ。

除外してはいけない手当を除外して計算していたのであれば、割増の未払い賃金となります。残業代などの割増賃金を含む賃金の請求権は，その賃金請求権が発生した時から「２年」で消滅時効にかかるものとされていますので、労働者から請求があれば2年遡っての支給が必要です。

次に割増賃金の「住宅手当」につきましては、もちろん住宅に要する費用となりますので、住宅に関係ない費用となると除外はできないものとなります。公務員によく見られる、世帯主であれば20,000円、世帯主でない場合は10,000円などといった場合などは、住宅に要した費用とはいえず除外できないこととなります。

そこで、住宅に要する費用とするのであれば、賃貸住宅の場合、家賃の金額を基に算出するといった基準とすれば「住宅手当」としてみなされ除外が可能となりえます。従いまして、ご質問にある「住宅に要する費用に定率を乗じた額を支給するもの」でいえば、賃金規定等において、「住宅手当は賃貸額の３０％を支給する」といった場合、家賃が50,000円だったとすれば50,000円×３０％＝15,000円が支給され、この15,000円が「住宅手当」とみなされ除外されることとなります。

社労士さんや他の専門家さんによって意見は変わってくるかもしれませんが、先ずは家賃を基準とし、そこから扶養家族の有無や本人の年齢によって乗じる定率が変わってくるといった規定であれば、問題ないかと思えます。そこは専門家の方に確認されるのがよろしいかと思います。

扶養家族の人数など、住宅の賃料とは無関係の要素で決定している手当は、「除外できる住宅手当」ではなさそうです。

請求があった場合の清算は過去2年分でしょうか。

わかくささくらさんの回答されてるとおりですが、具体例を参考までに
http://kaiketsudojo.jp/qa/%E4%BD%8F%E5%AE%85%E6%89%8B%E5%BD%93.html
遡及については基本2年限度ですが、不正行為の場合や是正勧告の場合は異なります
下記参考までに
http://www.zangyou7.com/kiso_zangyoudai/post_34.html