管理監督者の時短について

管理監督者と管理職の法的位置付は違いますね。
管理監督者であれば、労働時間の管理を受けませんから、休んでも賃金は変わらないはずです。
基本的に「時短」「欠勤」という概念はないはずですよ。
具体的にいえば、管理監督者の地位を外すべきですね。
そうすれば、「時短」、「給与減額」も一般労働者の処遇として、整合性が保てます。
例えば、部長職以上が「管理監督者」の地位にあるなら、その下に降格させます。
但し、会社側からの処分的なものでなく、あくまでも「業務軽減を理由として、当該本人から書面をもって申請させる」ことが無難だと思います。
そして、その事由が消滅したら、復帰させればよいことになります。



> 管理監督者が休職から復帰するのですが、しばらく時短にしようと考えています。
> この場合、管理監督者でも時間に見合う給与に減額して問題ないでしょうか？
> 就業規則には何ら条項は設けていません。
> また有給もないのですが、休んだ日は欠勤で問題ないでしょうか？

管理監督者に関しては、hitokoto2008さんがおっしゃるように
「遅刻や早退｣ に対する控除の取り扱いについては、管理監督者性を否定する要素として明確に裁判例等で示されています。

しかし欠勤に関しては、曖昧であり
管理監督者の欠勤に関して、控除出来ないことはありません（可能です）
よくいわれるノーワークノーペイですね

あとは一緒です。

事由が消滅したら、復帰させないと不利益変更になるので、問題があります。
そちらはご注意ください