偽装請負に抵触していますか？

まず、貴社がＡ社から業務委託を受けて、再下請けに流すことを契約上禁止されていないのでしょうか？

＞①業務に必要な車両やPCは無償貸与で請負金額で調整している
業務委託契約書に「無償貸与する」と決めておけば問題ありません。
または、立替金等で処理して後日精算処理をすることも可能です。
ただ、言葉の使い方として「請負金額で調整」というのはマズイ。
下請け金額の減額は、下請法に抵触してしまいます。

＞②ガソリン代や高速代は弊社のクレジットカードを貸与して使用してもらっている
これも立替金等で処理すれば可能でしょう。
個人下請けは資金の余裕がないところもありますから、カードを貸与していても、第三者に対してそれなりの説明はできます。

＞③請負契約は日当で提案するも勤怠報告に書かれている日当で精算している
「日当」という言葉も、雇用契約を想起させます。
これも、１日の業務委託費ですね。
○～○時までという表現は不適当だし、時間外労働という考え方も当然ありません。
（但し、割増料金という考え方はある）
基本は当人から請求書を出してもらい、支払を行う。

＞④支払いの便宜上弊社にメールで勤怠報告を行わせている(月次複数現場を纏めて)
業務委託で「勤怠」報告とは言いません。これも労働時間を想起させる言葉ですから「事業報告」とか「1日の業務終了報告」に変えないとマズイ。
請負契約は、基本的に仕事の完成度基準です。拘束時間で計算するのは雇用契約になります。

＞⑤A社への成果物の提出は弊社事業所内で行い不明な点は弊社から指示を受けている
＞⑥イレギュラー発生時は弊社に指示を仰がれ対応を指示する場合がままある
業務委託契約では普通ですよ。元請は最終責任を負いますので、業務確認は必要となります。

＞通常メールやSNSでのやり取りがほとんどなので証拠が残ってしまっている状況なのも恐ろしいです。

本来は、メールの記録があっても、別に問題はないのですよ。
そもそも、人材派遣会社なのに、業務委託契約を直接受けることが問題なのではないですか。
筋からいえば、業務受託できる人をＡ社に紹介するのが仕事だと思います。
上手くやれば、充分業務委託としても可能だと思いますが、実態は雇用契約に近そうです。
現状では偽装請負といわれてもやむを得ないかもしれませんね。