振替休日について

①　差し引くことはできないと考えます。
②　もし、２時間の有給休暇で無く１日の有給休暇取得だったらと考えた場合、差し引くことができるならば、全く残業割増賃金を支払わないことになります。
③　有給休暇は、労働義務がある日の労働を免除し、かつ、その日の賃金相当額を支払うものだからです。

この種の質問は、まず自分の会社の就業規則ではどのような規定になっているのか、あるいは規定がないのかを記載してもらわないと判断が多岐にわたります。
法的な話で進めても、規定があれば全く異なる回答となりかねないからです。

法的な話だけで進めます。

前半部はその通りで５時間は割増対象ですね。年休を取得した場合、実労働ではありませんから、その時間分は所定から除外することもできます。従って５時間超過したが同週内に２時間の時間年休を取得していた場合、プラスするのは、５時間分の基本単価＋３時間分の割増賃金でも可能となります。しかしこれは就業規則に規定がないと法的には可能であっても扱いとはできませんので念のため。

また現実には、給与計算事務を扱う者にとっては、非常に煩雑な作業となるため、机上の理論だけで取り入れることには細心の注意が必要です。必ず実務担当者とシュミレーションをした上で、導入には慎重となるべきと考えます。

状況として、例えば水曜日に２時間の有給休暇を取得して、土曜日に出勤するということでしょうか。
有給休暇をどのように扱うのか、での判断が分かれてきます。
有給休暇は休暇ですから実労働時間であれば43時間になるので、割増賃金は3時間分とう考え(賃金としては有給分は勿論支払う)。
有給休暇分を働いたと考えれば、40時間を超えた5時間分に必要という考え。

労働基準法からすれば実労働時間で判断してよいかと思いますが、これまでのおこなっていた方法などでの判断や、上記がわかりやすいように説明してあるのかでも見解が異なるかと思いますので、御社の社労士さんに相談したいただくことがよいかと思います。



> 基本的に土日が休日の事業所です。月～金は1日7.5時間の労働時間です。
> 土曜日に職員に出勤を命じた際に、翌週の平日に振替休日を指定した場合は、土曜出勤となった週が、７．５×6日＝45時間になり、週の法定労働時間40時間を5時間超過してしまい、割増対象になると思いますが、当該職員が土曜出勤の同じ週に2時間の有給休暇を取得した場合は、超過の5時間分から差し引くことができるのでしょうか？