公益財団の経理処理について

> 寄付金の振替を指定正味財産から一般正味財産へ振替る処理を今期するのですが、前年度の寄付金が30000円、今期10000円寄付金があり今期40000円使用する場合、10000円か40000円どちらの金額を振替ますか？

今期40000円使用の意味がはっきりしません。

> 貸借対照表はその期の流れのものを表すものであり、過去に遡った仕分けは必要ないですよね？

貸借対照表はその期の流れのものを表すというより、その期の資産負債の増減とともにその期末時点の資産負債の残高を表すものです。
40000円の内訳が前年度の寄付金30000円、今期10000円だとしても今期に40000円が減少したのでしたら40000円で記載すべきものです。

過去に遡った仕訳の意味するところがわかりません。

> また、この寄付金の予算を指定正味財産で計上している為、一般正味財産へ振替ることにより指定正味財産の寄付金が予算に対してマイナスになりますが、問題ないですか？予算を一般正味財産へ流用して変更した方が良いですか？
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> 要は決算書にマイナス事項をあまり表示するのは良くないのでしょうか？
> それとも、マイナスはマイナスとして予算流用等しないでそのまま表記しておいても良いものでしょうか？

指定正味財産はその使途に制約が課されているのですから、指定正味財産で計上している予算を一般正味財産の予算へ流用することはできないはずですが…。
決算書にマイナス事項をあまり表示するのは良くないというより、ありのままを表示しなければなりません。
正しい処理を行ってマイナスになったのならマイナスで表示すべきものです。

ただ、今回投稿された内容だけでは本当にマイナスになるのかどうかまではわかりません。