有休を使用して退職した場合の給与について

> 質問お願いします。
> 私は今月、9日有休を使用して退職しました。
> 給与明細を見てみると、基本給・調整手当・住宅手当・通勤費がいつもと比べて減っていました(皆勤手当は0でした)。
> 同僚も有休を3日使用し私と同日に退職しましたが、いつも通りの金額が支給されていました。
> 就業規則には「有休を何日以上使用した場合に賃金の計算方法が変わる」といった記載はありません。
> この場合会社のしたことは妥当なのでしょうか？

こんにちは。
年次有給休暇使用した日の賃金の支払については、所定労働時間出勤したと見なす、平均賃金などの方法があります。

いおりさんの文書からすると御社では所定労働時間働いたものと見なして支払われたと思われますが、その点をまず確認する必要があります。

通勤費については、実費弁償という考え方もあり、ひょっとしたら、控除しているのかもしれません。

> 給与明細を見てみると、基本給・調整手当・住宅手当・通勤費がいつもと比べて減っていました(皆勤手当は0でした)。

給与〆日迄在籍で退社と想定します。
　　　基本給は変更無しのはず。
　　　調整手当ては内容が不明の為、判断しかね
　　ます。
　　　住居手当ても変更無しだと思います。
　　　通勤費は定期代相当の場合、概ね１８日
　　以上出勤であれば満額支給。
　　　年次休消化で、定期代を割り込む場合は、
　　減額の可能性有り。

だと思いますが、如何でしょうか。
皆勤手当ては多分「何日以上出勤で支給」となっているはずで、これには当然有給行使日も含まれますから、規程を確認されるべきです。