有給休暇の繰越について

法定を超える日数分については、以下の通達のように、
使用者の任意で取り扱いを決めてよいことになっていますから、
貴社のように、法定分のみ繰り越し（すなわち法定外分は消滅）するという規定自体は問題はありません。
しかしながら、法定年次有給休暇の消滅時効は2年ですので、
法定分の残日数分はそのまま次年度に繰り越すことになります。
法定分の残日数が10日あるのに、6日のみ繰り越しというようなことはできません。

【参考】
法定を超える有給休暇の取扱い
問　法第３９条に定められた有給休暇日数を超える日数を労使間で協約しているときは、その超過日数分については、労働基準法第３９条によらず労使間で定めるところによって取り扱って差支えないか。
答　貴見のとおり。
（昭和２３年３月３１日、基発５１３号、昭和２３年１０月１５日、基収３６５０号）

ですので、貴社のような規定がある場合、
前年に年次有給休暇をまったく使用していなければ、
入社2年目の方は、法定分の繰り越し10日＋今年の付与分20日＝30日
入社7年目の方は、法定分の繰り越し20日＋今年の付与分20日＝40日
の年次有給休暇があることになります。
貴社のケースで問題となるのは、数日分を使用した場合に、
法定分から使用したとみなすのか、法定外分から使用したとみなすのか、ですね。
前年に3日分を使用していた場合、
前者であれば、入社2年目の方の法定分の繰り越しは7日分となりますが、
後者であれば、10日分となりますので。
その点が規定されていないと、トラブルの元ですから、
法定分から使用したとみなすのか、法定外分から使用したとみなすのかも規定されたほうがいいですよ。
現状の規定であれば、労働者に有利になるよう、
法廷外分から使用したものとして扱うほうがよろしいかと思います。
労働者に有利なら、文句もでないですからね。

なお、1点気になったのは、
貴社の基準日である4/1より後に入社した場合、どのように取り扱われているのか、です。
4/2～9/30までに入社された方は、次の貴社基準日である4/1より前に法定付与日が来ることになりますから、
次の4/1まで年次有給休暇が付与されないというような取り扱いですと違法になります。
（最低でも、入社6ヶ月経過時点で10日以上が付与されている必要があります）
念のためご確認ください。
また、初年度に年途中で年次有給休暇を付与した場合、
消滅時効はその日から2年となりますのでご注意ください。
たとえば、2007年に入社して2007/7/1に20日を付与した場合、
そのうち法定分については、2009/6/30までは消滅させられないということですから、
この方が年次有給休暇をまったく使っていなかったとすると、
2009/4/1時点では、2007/7/1付与の法定分10日＋2008/4/1付与の法定分11日＋2009/4/1の貴社付与分20日＝計41日分の年次有給休暇があることになります。
（上記のうち、2007/7/1付与の10日分は2009/6/30で消滅）