深夜手当の具体的請求方法

深夜労働（22:00を超えての労働）を行っているのに深夜手当が支払われていないので、これを会社に対して請求したいのですが、まずは労基署等第三者機関に頼らず個人でやる方法がないものでしょうか。

私は「いわゆる管理職」の立場なので、通常の時間外手当等は支給対象外とされています。
（労基法のいう「管理監督者」に当たるか否か疑義がありますが、その論点はここでは扱いません）
しかしたとえ管理監督者であっても深夜手当は支払い対象である旨、労基法に明示されていることは周知の通りです。
しかもこの深夜労働は、私の上長からの業務命令として行ったものであり、そのことを示すシフト表（当社では「上長からの業務指示書」と解されています）等の資料も残っています。
すなわち会社は業務命令として深夜労働を命じておきながら手当を支払っていない、ということになります。

実は数ヶ月前、総務部門に対してこのことを申し入れ、「管理職であっても深夜手当については支払いが必要」との認識で合意したはずでした。
（これまで会社は「管理職は深夜手当も時間外同様支払わなくていい」と認識していたようです）
しかしそれから現在まで、手当が支払われたことはありません。

法に反していることは明白なのですが、面倒なことに"やり方"を選ばないと後で何らかの報復的措置を受ける不安も払拭できない会社なので、まずはこの場でお知恵を拝借したい次第です。
よろしくお願いいたします。