1ヶ月単位の変形労働時間制における時間外労働について

変形労働時間制の割増賃金を正しく計算するのは、やっかいですね。説明も難しいです。

> 3の条件で時間外労働を算出すれば、問題ないような気がするのですが・・・。

３の条件というのは（ 1または2で時間外労働になる時間）という部分を計算せずに、単純に1ヶ月の総労働時間から法定労働時間を引いて計算しても問題ないのではないかというご質問だと思います。（解釈が違っていたら申し訳ありません。）

１ヶ月の総労働時間で計算できてしまえば簡単ですし、実際問題ない場合もあります。ただし稼働日が少ない月には明らかに誤差がでてしまいます。途中入退社、休日・欠勤が多い月には注意が必要です。
極端な例でいえば、１日しか出社せず、その日に10時間（所定は８時間として）勤務すれば、１で計算すれば２時間の時間外労働ですが、３だけで計算したら１ヶ月の法定労働時間以内です。

実際私が計算（エクセルで計算します）した例で、年末年始をはさんだ月に1ヶ月の法定労働時間177時間、総労働時間181時間10分で、27時間半の時間外労働となったことがあります。
計算例を添付できないので、納得がいく回答になっていないかもしれません。ご勘弁ください。

ご回答頂き、ありがとうございます。

法定労働時間ぎりぎりの勤務での集計ばかりに気を取られていて、長期休暇など例外のある月を忘れていました。

月の時間外の集計を自動で行えるようにしたいと考えているのですが、正しく計算するのはなかなか難しそうですね。
もう一度稼働日が少ない場合などの集計方法を考えてみて、上司とも相談してみようと思います。