退職後の欠勤控除の請求について

> 何方か、以下についてアドバイスをください。
> 担当者が急きょ辞めてしまったため、総務素人で困ってます。
> また、社員も少ないため、給与計算ソフトは使ってません。
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> 当社は、月給制で末締め当月25日払い、勤怠精算は翌月精算で計算しています。
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> Aさん(有給消化済み)(基本給30万)が、体調不良で8月、9月と2カ月まるまる欠勤したまま、9月末日に退職しました。(算定期間未達で退職金なし)
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> 8月度給与は、通常に30万支給し、9月度給与にて、8月の欠勤控除100%、-30万をしました。
> しかし、前記のように、9月も全日欠勤のまま退職となったため、9月の欠勤控除することを、当方も今頃になって気が付き、Aさんに返金をお願いしたいのですが、「9月の欠勤控除30万戻してください」とは、気が引けるのですが、間違ってないですよね？
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> 9月度給与も社会保険等で8万ほど戻してもらってます。
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> 以上、説明不足の点も有ろうかと思いますが、よろしくお願いいたします。

就業開始月に基本給を払っていて、貴社の規程が欠勤の場合は基本給と同額の欠勤控除が発生するようなルールになっていれば、当然１００％欠勤の場合、その控除を翌月しなければなりません。

給与支払いが無い月に、控除分を請求するのは、当社でも気が引けましたが、残業や休日出勤とプラスとマイナスが違うだけと割り切れば良いと思います。

「当社は・・・・」と書かれているので、既に確認していらっしゃると思いますが、就業開始月に基本給（当然当時の金額）を間違いなく払っている確認はしてください。

当社の場合は
本人と相談の上、退職金を、税金や保険料の立て替え分と欠勤控除分を相殺し、差額を振り込んでいただきました。

＞給与支払いが無い月に、控除分を請求するのは、当社でも気が引けましたが、残業や休日出勤とプラスとマイナスが違うだけと割り切れば良いと思います。

アドバイスありがとうございました。

本人と話し合って、分割で返金することにしました。