有給休暇中の定期代

通勤費の支払方法は、会社が決定すべき事柄なので、本人に不利益さえ生じさせなければ（長い期間の定期を購入してしまった場合とか）、問題はぜんぜんありません。

貴殿がおっしゃられているケースであれば会社で定期券の購入の実態を把握しているようですので支給しなくても大丈夫でしょう。ただ、定期券が切れたあと出社した場合は実費で精算してあげればよいのではないでしょうか？
また就業規則・給与規定をよく確認しておいた方がよいでしょう。
たとえば通勤手当について定期ではなく実費で現金で支給すると明記されていて、有給休暇について「通常出勤したものとみなし給与全額を支給する」とあり給与規定には「通勤費も給与の一部である」と解釈されることであれば、たとえ退職間際の有給消化期間であっても支給しなくてはならないと考えられます。
さもないと通常の有給休暇との違いが不明瞭になってしまい不具合が出てくるものと思われます。
もちろん通勤費の支給については会社の自由なので「有給休暇の際は通勤費を支給しない」ととれる解釈が定められているのでその場合は全く支給しなくても良いと思います。いずれにせよ通常の有給休暇と整合性のある処理をすればよいと思います。

大変良くわかりました。
ありがとうございました。

横からのご質問ですみません。弊社の場合には給与が基準内給与（基本給）と基準外給与（通勤手当やその他手当）に分かれておりまして、通勤手当については一ヶ月の定期代実費を支払う旨を明記しております。ただし有給期間中の通勤費の支払いの記載は無く、途中入社、途中退職者の基本給・通勤手当の計算については、日割計算としか記載がありません。こちらでは有給を消化して退職する人が多いので、予め最終出社日と退職日の届けを本人に出させておりますが、このような場合でも有給期間中の通勤費を支払う必要があるのでしょうか？

通勤手当については一ヶ月の定期代実費を支払う旨を明記しております。ただし有給期間中の通勤費の支払いの記載は無く、途中入社、途中退職者の基本給・通勤手当の計算については、日割計算としか記載がありません。こちらでは有給を消化して退職する人が多いので、予め最終出社日と退職日の届けを本人に出させておりますが、このような場合でも有給期間中の通勤費を支払う必要があるのでしょうか？

就業規則全体をみないと正確にはわかりませんが
基本は定期現物支給、途中入社、途中退職者は日割計算
というように読めます。
通勤費は給与であり、支給は法律でなく会社で決められますので、上記のような場合は定期支給し、解約清算するか
最初から日割計算とする対応で問題ないと思われます