交通費には税金がかからない？

ちょっとこの文面だけでは、状況が推測できません。
もう少し詳しく説明いただくと回答もし易いかと思います。
まず交通費というのは、通勤交通費のことですか？それとも出張などの際の旅費交通費の事でしょうか？
以前勤めていた会社での過払いというのは、どういう事でしょう？

> 交通費には税金がかからないコトを最近知りました。
> 以前勤めていた会社での過払いは返してもらえるのでしょうか？？

税法の考え方,原則非課税です。
電車やバスだけを利用して通勤している場合,この場合の非課税となる限度額は、通勤手当や通勤定期券などの金額のうち、1か月当たり100,000円までの金額です。
この限度額は、経済的で最も合理的な経路で通勤した場合の通勤定期券などの金額です。
お話ですと、交通費支給条件が、給与との一括計算で行われていたのでしょう。やはり難しいとしか思えませんね。

まずは給与明細を確認してみましょう。
普通の給与計算担当者であれば交通費には非課税限度額のことは知っているはずですので、非課税になっていると思いますよ。

よって、交通費にかかるはずの税金の過払いにの返還については多分ないのではないでしょうか？
もし、給与明細上で確認ができないのであればその会社に問い合わせてみましょう。

万が一課税処理を間違っていた場合になりますが、既に退職していらっしゃるようですので、いつ退職したかによって手続は変わってきます。

今年退職したのであれば源泉徴収票の修正を依頼してから確定申告（もしくはすでに再就職しているのであればその会社で年末調整）を実施し、昨年度以前であれば更生手続になりますので税務署でご相談ください。

> > 交通費には税金がかからないコトを最近知りました。
> > 以前勤めていた会社での過払いは返してもらえるのでしょうか？？
>
> 税法の考え方,原則非課税です。
> 電車やバスだけを利用して通勤している場合,この場合の非課税となる限度額は、通勤手当や通勤定期券などの金額のうち、1か月当たり100,000円までの金額です。
> この限度額は、経済的で最も合理的な経路で通勤した場合の通勤定期券などの金額です。
> お話ですと、交通費支給条件が、給与との一括計算で行われていたのでしょう。やはり難しいとしか思えませんね。

補足ですが、自動車や自転車などを利用しての通勤の場合は距離により課税部分が発生します。（２Km未満は全額課税など）
交通費込みで給与○○万円などとなっている場合、給与と通勤交通費など明細を分けてもらわないと、非課税とするのは難しいですね。

通勤手当は別に支払われていますが、移動に自分の車を使うので
車両借り上げ料として給与に含まれていました。

> > 交通費には税金がかからないコトを最近知りました。
> > 以前勤めていた会社での過払いは返してもらえるのでしょうか？？
>
> 税法の考え方,原則非課税です。
> 電車やバスだけを利用して通勤している場合,この場合の非課税となる限度額は、通勤手当や通勤定期券などの金額のうち、1か月当たり100,000円までの金額です。
> この限度額は、経済的で最も合理的な経路で通勤した場合の通勤定期券などの金額です。
> お話ですと、交通費支給条件が、給与との一括計算で行われていたのでしょう。やはり難しいとしか思えませんね。

確かに交通費というか、車両借り上げ料が一括計算でした。
返信ありがとうございました！

とても為になる回答ありがとうございました！
更生手続きってなんですか？

> とても為になる回答ありがとうございました！
> 更生手続きってなんですか？

更生手続です
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2026.htm