男女雇用機会均等法　罰則

はじめまして。
前提として、下記、web上で拝見した限りの一般的なアドバイスとなりますので、ご心配であれば社会保険労務士・弁護士等の専門家に委ねることを強くお勧めいたします。

まず、法令違反による罰則と、民事上の訴訟等による賠償は全く意味合いが異なります。
ご質問の件について貴社は既に関係当局からの行政指導を受け対応を完了していらっしゃるようですから、後者についてが問題となります。
結論から申し上げれば、現段階において“応募者からの手紙”については特段何も対応する必要はありません。もちろん、法令違反に基づく監督官庁の行政指導等の結果の如何は、応募者による訴訟の提起等を妨げるものでは有りませんから、具体的な賠償根拠意を示す内容を法的な手続を持って示してきたならば話しは別です。その場合は弁護士その他専門家によるアドバイスを受けた上で事を進めることをお勧めいたします。
また、貴社の業務に支障をきたす様な行動や、従業員等への直接的な危害を及ぼす行為・言動が立証できるのであれば初めて警察の出番となりますが、そうした事由に発展していない場合はどうしようもありません。（お伺いした限りの内容では「脅迫」行為とは認められないと考えます）

いずれにしても一人であれこれ悩む事案ではありませんので、早々に社内での対応方針（断る際の根拠と方法お）を決定した上で、もし、毅然とした態度で接すべきと考えます。

以上、ご参考まで。

大変わかりやすいアドバイスを頂き、有難うございます。
暫くは様子を見て、続くようでしたら専門家に相談することになりました。