会社が休職していた際に立替ていた金額の処理について

当然、本来の控除項目で控除します。

結果として、今月の該当控除項目は2箇月分を控除するのですから、通常の金額の2倍になると思います。

住民税は年末調整に関係ありませんから、控除項目は帳簿上の整理が間違いなく行われるのであれば、通常の項目以外でも問題ありませんが、社会保険料は年末調整に含めなければなりませんから、通常の項目で控除しておかないと年間合計を誤ってしまう可能性があります。
ですから、社会保険料は通常の控除項目を使うべきと考えます。