月の総労働時間より所定労働時間を引いた分が残業代？

なにをもってシフト制とよんでいるのかわかりませんが、

法定の変形労働時間制や、始業終業を労働者の自主性にまかせるフレックスタイム制でないようですので、

始業から日８時間超過したところから、週４０時間超過したところから、法定外残業となります。

変形労働時間制なら、月間勤務予定表でもって、各日の労働時間、始業終業時刻を確定させておかねばなりません。期中の恣意的運用が必要なら、変形労働時間制として不適格です。

いつかいり様、ご返信ありがとうございます。

そうなんです。何をもってシフト制なのかさっぱりなんです。
おそらく毎日が同じ時間帯での就業ではないから、シフト制と呼んでるだけではないでしょうか。

月～金、たまに土曜日も出勤（週４５時間勤務）のため、変形労働制にしていると思いますが、キチンとした勤務予定表などがないので、変形労働制とは言えない状態ですね。

つまりは今現在の残業の支払い方法は誤っているということで･･･。よく分かりました。ありがとうございます。