預かり証の法的効力について

正当な権限に基づいて作成された書面には一定の法的効力やその正当性の推定など様々な法的効果が生じ得ます。

問題は、預かり証の法的効果というよりも、その預かり証が真正な内容を真正な手続きを踏んで作成・交付されたものかどうかということでしょう。

株主では無かった（株主名簿等に記載が無かった）ことを理由に、この預かり証は無効だというわけには行かないでしょう。会社としてその姿勢を通すことはできるかも知れませんが、争いになる可能性も残されます。

株主であったかどうかではなく、株主となるために支払い預けた（株式払込金として支払った）金銭が果たして本当に動いたものであったか、それは誰に渡されたものなのか、もしくは振込み等がなされたものであるのか。その過程で（預かり証の作成に関しても含め）不正は考えられないのか。
その元従業員の方の記憶・主張も聞いて検証する必要があるかも知れません。

株主でなかった人の、株主としての権利主張は跳ねのけることができるでしょうが、預けた金は何処へ行ったと主張されると、その預かり証の作成効果を否定することが必要になると思います。

的確な回答ありがとう7ございました。
まずは近日中に、本人と面談することにいたします。
結果如何によっては、懇切丁寧に対応することにしたいと考えます。

それが良いと思います。

余計なことかも知れませんが、私は「時効」には敢えて触れませんでした。

株式払込金として預けられたものであれば（真実だとして。）それは返済することなどが前提となった金銭のやり取りではなく、払込期日の翌日には「株主」になるための金銭ですから、10年間の消滅時効には馴染まないであろうと考えたからです。
場合によっては、何らかの御社手続き上のミスで株主になれていなかったとすれば、こじれることも考えられますので、権利が無いということを当面は前面に押し出し過ぎない方が良いと考えます。

誠実に対応されそうなご相談者ですから、問題ないと思いますが。