業務委託の賃金の支払について

> 現在業務委託で契約していますが、労働賃金の支配が給与で支払われています。
> これは一個人主としての契約なので、本来なら報酬として支払われるのでは？
> 私としても、確定申告する際には、報酬として落としたいのですが、これを企業側に異議申し立てする事は出来るのでしょうか？
> ご回答をお願い致します。


経理は専門外ですが…
業務委託契約であれば、一般的には「報酬」となります。
それを、給与として支払うには、雇用契約でないとなりません。
契約名称がどうであれ、「実体が雇用関係」でないと給与で支払うことは無理でしょう。
契約書内容と業務実体を言えば税務者が教えてくれますが、それを盾に会社にいきなり言うことは、トラブルを生む可能性もあります。
まず、正しい処理を確認しておいてから、会社側に給与処理にする理由を質してみましょう。

雇用契約なら、割増賃金（残業）が発生する恐れがあります。
業務委託契約なら納付する消費税が少なくなることもあります。
会社の意図、会社のメリットが読めませんね。