通勤費と交通費について

そのとおりだと思います。

通勤費は給料ですから、社会保険の等級算定にもかかわってきますし、雇用保険料は通勤費にもかかります。さらには、非課税限度額を超える通勤費は所得税の対象にもなります。
一方、会社経費としての交通費は、本来会社が負担するものを立て替えているものですので、給料とはまったく関係ありません。この２つは区別するものです。就業規則に書く必要もないのではないでしょうか。

現金精算している交通費が本当に給与に含まれているとすれば問題だと思いますが、単に給与明細に記載されているだけで実際に源泉徴収票での支払金額（給与の額）には含まれていないということもあり得ます。給与明細中で２つは区別されていませんか？その点だけもう一度確認されたらいいかと思います。

早々のご回答ありがとうございます。
現金精算とういう書き方がちょっと違っていたかも･･･
今までは、会社からの仮払金での精算でしたので何の問題もありませんでした。
ここ半年は長期出張(近県)で毎週末に自宅に帰っていたため、その帰宅費も支給してもらえるよう(本来はダメみたいですが)に完全に実費精算として給与に交通費として含まれていました。
結局は翌日外回りのため平日でも自宅へ戻り出かけたりというややこしいことが続き交通費が高額になってしまったのです。(といっても限度額は超えていません)