社員からマイナンバーを取得する際の本人確認について

まず、マイナンバー関係でいう本人確認とは、身元確認と番号確認の2種類を指します。
なので通常マイナンバーの提供を受ける際には、身元確認書類と番号確認書類をそれぞれ提供してもらう必要がありますが、

(1)に関しては質問者様の記載の通り、身元確認書類は省略可になります。（番号確認書類は必要です。）

(2)に関しまして、代理人を介してマイナンバーの提供を受ける際には、事業所は
①委任状・戸籍謄本等による委任状況の確認
②代理人の身元確認（この場合代理人が社員となるので(1)と同様に省略可）
③本人（妻）の番号確認
を確認する必要があります。
質問者様の例でいうと、妻（本人）の番号確認書類が必要となります。
なので、第3号の申請書類に直接マイナンバーを記入してあるだけで、番号確認書類の添付がないといった状況では、本人確認義務を果たせていないことになります。

(3)に関しましては質問者様の記載の通り、書類はどちらも不要です。

AkAs様

早速ご回答頂きありがとうございます！

（2）については、
委任状を一緒に出して貰います　←　AkAsさんの①に対応済でしょうか。

社員の番号提供書に本人（妻）の番号も記載して貰い、通知カードの提示（コピーの場合、
確認後返却）と考えていました　←　AkAsさんの③に対応となりますか。

宜しくお願いします。

> （2）については、
> 委任状を一緒に出して貰います　←　AkAsさんの①に対応済でしょうか。
> 社員の番号提供書に本人（妻）の番号も記載して貰い、通知カードの提示（コピーの場合、
> 確認後返却）と考えていました　←　AkAsさんの③に対応となりますか。

問題ないと思います。

また、質問内容やご回答からすると既にご存知かと思いますが、マイナンバーの提供を受ける際には利用目的の明示も必要となりますので、委任状には単に「提供を委任する」旨ではなく、具体的に「国民年金第3号被保険者資格申請に関する手続きのために委任する」等の旨、番号提供書には事業所が行うマイナンバーを用いる手続きの包括的な明示と、本人だけでなく扶養家族の個人番号を各種手続きに利用する旨等の記載をしておけば後々の問題もないかと思います。

AkAs 様

ご回答頂きありがとうございます。
やっとスッキリしましたー！

後半部分のアドバイスもありがとうございます。
そのように進めております。

ありがとうございました！