休職者のタイムカードの処理

従業員の実際の労働時間は、タイムカードの打刻時刻だけではなく、会社の入退社の際のセキュリティの設定・解除の時刻、パソコン等の起動・シャットダウンの時刻、同僚からの証言聴取、従業員本人のメモなどにより認定されることになります。
「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関する基準」によれば、会社には始業・終業時刻を確認し記録することが求められているので、出勤簿とは別に、労働時間管理票などで労働時間を適正に把握・管理しなければなりません。

タイムカードは、使用者による労働者の時間管理上のひとつの記録方式です。
労働諸法令上でその設置が義務付けられている訳でもなく、出勤簿や他の様式で代用しても、「適正な時間把握」が可能であれば差し支えありません。
よって、タイムカードは必要となれば用意をすれば足り、仮に、急に休職中等の社員に出勤を命じ就労させた場合は、何らかの手法で使用者が実際の出退勤時刻を把握すれば可です
実際には日報を書かせれば足りるものと考えます。
休職中の労働者については出退勤管理票に休職中と記載しておけばいいでしょう