こんにちは。労務スタッフさん。
さて、ご質問の件、その5月分の住民税は貴社に請求が来ているのですよね?。
であれば、支払義務者は貴社になりますので貴社が支払うことになります。
取り急ぎ、当該役所に電話で連絡し、事情(徴収できなかった旨)を説明すると、役所のほうから指示があると思います。→こういう系統に関しては結構役所は親切です。
想像ですが、今回の場合は、平成18年6月~平成19年5月までの期間の最終月分なので、翌年度に合算してくれる可能性は低く、「納付期限を過ぎていても良いから、すぐに納付手続を取ってくれ」ということになろうかと思いますね。
以上