通勤手当について

通勤時の事故や罹災は労災の対象ですが、そのためには従業員から通勤手段やルートの申請を受けて会社が認めた（労働者名簿などに記録された）状態が必要です。
会社には公共交通機関で通勤と届けている人が特段の理由もなく、会社の許可も取らずに届け出とは別の交通手段やルートで通勤した場合は労災適用外となる可能性が高く、その部分を従業員に知らしめる必要があると思います。

また、通勤途上の事故や事件に巻き込まれた場合、会社も何らかの被害を被る可能性がありますので、会社に届けていない通勤手段を利用する場合は都度申請し上長や部門長の許可を受けるなどの規定が必要と思います。

まずは、届け出以外の通勤手段・ルートの利用に関する規定の有無をご確認されて、もしも当該規定がない場合は新たに設けて貴社内に通達するのがよろしいと思います。（ただし、就業規則の変更となりますから必要な手順をとる事が必要です）

また、現在の事象につきましては、該当する従業員の方をはじめ、貴社内に通勤時の事故・災害・事件の危険性と、従業員に加えて会社が被る被害・損害などのリスクに関する啓もうを行い、無届け通勤の抑制を訴えるところから始めるのがよろしいかと思います。