年末調整　旦那の控除対象について知りたい

条件に当てはまるのであれば、配偶者控除もしくは配偶者特別控除、障害者控除を受けることはなんら問題ありません。条件にあてはまるかどうかだけです。
いずれの控除も、12月末日の現況で判断します。
今年に入ってからそうなった人ももちろん対象です。

そのうえで、
質問1への回答
給与「収入」なのか、「所得」なのか、はっきりさせる必要があります。両者は似て非なるものです。給与所得を含めて所得が48万円以下なら、配偶者控除を受けられる可能性があります。まずは収入か所得かはっきりさせてください。

質問2への回答
精神障害者保健福祉手帳の交付を受けているなら、障害者控除の対象になります。

なお、毎月の源泉徴収額が変わってきますから、年末調整より前に、速やかに会社に報告が必要です。

こんばんは。

> 【背景】
> 昨年から旦那がうつ状態で休職していましたが今年復職しました。
> その後は、数か月週３回出勤と頑張っていたものの、退職することとなり現在無職。
> 退職後も旦那の社会保険から傷病手当金を頂いている状態です。
> 11月には精神障害者手帳 3級を申請し発行されました。
>
> 【本題】
> 今回私(妻)の年末調整を提出するにあたって以下の質問に回答頂けますと幸いです。
>
> 【質問１】
> 今年旦那は数か月は働いていたため給与収入が48万以上であるため「配偶者控除」は対象ではないと思っていますが、「配偶者特別控除」は対象に入れてよいのでしょうか。
> はたまた控除に入れるのはお門違いでしょうか。

給与収入ではなく給与所得です。
収入と所得は異なります。税込収入総額103万以上なのか以下なのかで判断してください。
仮に給与所得が48万以上であれば配偶者特別控除の申告をしてください。


> 【質問２】
> 11月に精神障害者手帳 3級が発行されたのですが、「障害者控除」は対象にあたるのでしょうか。
> はたまた控除に入れるのはお門違いでしょうか。

扶養控除申告書に障碍者手帳のコピーを貼付し一般障がい者扶養として申告してください。
但し給与所得が48万以下の配偶者控除対象の場合になります。
特別控除対象者は障がい者控除は対象にはなりません。
扶養控除申告書の記載内容を確認しましょう。

⁂-配偶者控除と障害者控除の両方を適用できるケースとは、配偶者の合計所得金額が48万円以下で、控除を受ける納税者本人の合計所得金額が1,000万円以下である場合です。

後はご判断ください。
とりあえず。