残業賃金の計算方法について

あまりにもざっくりした質問なので、回答もざっくり。以下も参考に。
https://www.mhlw.go.jp/content/001317967.pdf

残業代の計算には、1時間当りの賃金額が基本となります。
これを、時給換算額とします。

①法定労働時間を超えた労働時間（月60時間まで）
時給換算×1.25

②法定労働時間を超えた労働時間（月60時間を超えた分）
時給換算×1.5

③深夜（法定労働時間内）
時給換算×1.25

④深夜かつ法定労働時間を超えた時間
時給換算×1.5

⑤法定休日
時給換算×1.35

⑥法定休日かつ深夜
時給換算×1.6

> 残業賃金の計算方法ですが各社バラつきもある事から基本計算とする計算方法をお教え下さい。

計算方法にバラツキというより、割増率、割増にする時間にバラツキがある印象です。
25％ではなく、30％にする、法定からではなく、所定からといった具合。

また、そもそも1分単位での集計なのに、丸めを行っている等でバラツキもあります。