こんにちは、onegai-kunさん。
さて、ご質問の件、扶養控除申告書を提出させないこと自体に問題はあるものの、実際に「罰則を受けた」ということは聞いたことはありませんね。
ですが、一般的には、申告書は提出させるものであり、それ(例えば扶養家族者数)に応じて計算すべきものですので、今後はそうされたほうがよいでしょう。
ただ、気になるので敢えて指摘しますが、「年末調整は希望者に実施しています。」というのは問題で、扶養控除申告書を“提出した人のみ”が対象ですよ。
つまり、提出しない人は年調対象に含めてはいけないということです。念のため。
以上