出産育児一時金、退職後の申請について

国民健康保険の扶養と書かれていますが、
国民健康保険に扶養という概念はありません。
専業主婦でも子供でも、それぞれが被保険者本人です。
保険料の納付義務は世帯主が負うことになっていますので、
保険料は世帯主だけが支払いますが、これは扶養になっているということではなく、
家族の保険料もまとめて世帯主が支払っているというだけですのでお間違えなく。

ご質問の件についてですが、これに関しては現在の健康保険が国民健康保険だからだと思います。
社会保険は健康保険法に基づく給付ですが、
国民健康保険の場合は国民健康保険法という別の法律で定められています。
国民健康保険法第58条には、
「保険者は、被保険者の出産及び死亡に関しては、条例又は規約の定めるところにより、出産育児一時金の支給又は葬祭費の支給若しくは葬祭の給付を行うものとする。ただし、特別の理由があるときは、その全部又は一部を行わないことができる。」
と規定されています。
したがって、支給の有無は条例や規約によるものとなりますので、
「職域の健康保険から受給できる場合は支給しない」と定められていれば、
その場合は国民健康保険からは受給できないわけです。
極端な話、出産育児一時金を支給するという規定がなければ、給付自体が存在しないということになります。
（このご時世に出産育児一時金の制度がない地方自治体はないとは思いますが・・・）

したがって、市区町村よって、条例などで定められている取り扱いが異なるため、
社会保険事務所の方に言われたような、
「どちらが優先ということはないが、市町村の取り扱いによって」
というような回答になるわけです。
地方自治体によって取り扱いが違うわけですから、
「うちの会社ではこう」といったような画一的な取り扱いは無理ですね。
本人に在職中の健康保険から受給する資格があるかどうか、
ご主人が職域の健康保険に加入している場合は、ご主人の被扶養者になっているかどうか、
退職後に国民健康保険に加入している場合、お住まいの地方自治体ではどういう取り扱いになっているか、
上記を総合的に判断するしかないと思いますよ。

ありがとうございました。
私が労務担当になって初めてのケースでしたので、勉強不足でした。
今後は関係機関によく相談の上、社員に説明したいと思います。