厚生年金基金から支給される分を退職金に充当

退職金規程等で、厚生年金基金から支給される加算部分については退職金の一部に充当する（基金の加算部分の額については会社が支給する退職金から控除する）といった定めがあれば、問題はないと思います。（もちろん、現在の退職金規程等に何の定めもないのに退職金の一部に充当してしまえば問題ですが。また、一方的に規程を変更して退職金の一部に充当してしまうことも問題です。）

大企業では退職金が厚生年金基金から支給される会社もあります（最近は基金を解散したり移行したりしているところが多いので減ってきていますが）ので、規程等で明確にしておけば、退職金の一部としても問題はないでしょう。

ただ、控除するとしても加算部分（国の厚生年金を代行する部分＜基本部分＞以外の部分）のみとするべきではないかと個人的には思います。基本部分は厚生年金の代わりですし、その掛金は通常は労使折半です。これに対し、加算部分の掛金は事業主が全額負担していることが多いためです。

ご参考になれば幸いです。