課税対象外商品から内税の値引きをする場合

こんにちは。

ご質問の趣旨と異なるかもしれませんが・・・
免税事業者から、物品を購入した場合であっても、購入した品物が通常のものであればそこに消費税が含まれているとして、仕入税額控除を行うという意味で良いでしょうか？

これは、日本の制度がそうなっているから（帳簿方式）としか言いようが無いと思います。
海外では、バウチャー方式が採用されて、証憑に記載された付加価値税の額を仕入れ控除の額とする事が多いのに対して、日本では消費税の導入時に小規模な事業者が取引から排除されることがないように、取引した品物が同じであれば誰から購入しても消費税が同じ額含まれているとされたためです。

ですから、品物を購入するために支払った総額の
100/105が、本体価格
5/105が、消費税等の額ということになります。

課税対象外取引・非課税の取引に関して言えば、誰から購入しても消費税が発生していないので、内税とみなすことは無いと思います。