業務命令でない時間外労働にも割増賃金支払？

どうしても残業をしなければならない仕事があるときは、労働者に残業の内容・予定時間を申請してもらい、今日中にやるべき仕事として指示を出した上司の承認を取らせるようにすることをお勧めします。急ぎの仕事でもないのに残業代を稼ぐために仕事をしているような社員に対しても有効と思います。

時間外労働として認められる要件としては、次のようなものが挙げられます。
　1．会社から残業するように命令が出ている
　2．会社から残業せざるを得ない命令が出ている
　3．労働者から残業申請を受け会社が承認している
　4．会社が労働者判断の残業を認めている、あるいは、黙認している

>業務命令違反として、時間外手当不支給という制裁措置を下すのは、違法でしょうか。

命令も無いのに居残っているのは業務命令違反ではなく、単に居残っているだけです。
当然時間外手当を支払う必要は無いのですから、不支給は制裁にも当たりません。従って違法という概念も生じません。

こんにちは。
社労・暁（あかつき）さんのご指摘通りです。
万全を期するためには、次のような措置を取るのがいいでしょう。

1)会社の指示あるいは承認のない時間外は認めない旨を通達し、徹底する。
2)指示、承認なく残っている従業員には、帰るよう指示する。（これがないと「黙示の承認」があったとみなされる可能性あり）