給与が基本給+出来高制の人の雇用調整助成金は・・・

運送業などの基本給＋出来高（能率給）の給与体系でも可能だと思います。
休業を設定し、その時間分の給与控除と休業補償の金額を確定させればあとは通常の処理になるはずです。
また出来高部分についても貴社の給与体系にもよりますが基本給として設定しているのであれば助成金算定金額の対象なると思います。

しかし一日の勤務時間の間（形として中抜け）でも可能かどうかはハローワークへ確認が必要だと思います。