共済の扶養認定を受けていた妻の収入が１３０万を超えていた

国民健康保険の遡及加入及び共済組合の扶養認定の遡及取消・７割支払については，市区町村・共済組合の指示に従うしかないと思います。それから，共済組合の扶養認定から外れるということは，配偶者の国民年金が３号→１号になることにより，配偶者が自ら国民年金保険料を支払う必要があります。
税法上ですが，交通費（通勤手当としての支給）は非課税ですので，現状のままの配偶者特別控除で良いかと思います。
> 妻の収入を、１３０万円未満に抑えていたが、交通費は含まれないと勘違いしていて、３年前から交通費を含めると１３０万円を超えていました。この場合３年前までさかのぼって国民健康保険料や、国民年金保険料を納めなければならないのでしょうか？またこの間にかかった医療費について共済が負担した７割分について返還しなければならないのでしょうか？さらに所得税の配偶者控除が受けられない分の税金も支払うのでしょうか？交通費のことについては全く知らなかったので、わざと隠していたのではありません。指摘されて初めてわかったのですが。教えてください。

>シューミ様、ご返答ありがとうございます。共済に確認してみます。