通勤手当を過去にさかのぼって支給する件

> 就業規則には、通勤手当を支給するの一文がありますが、雇用契約書には、「支給しない」となっております。しかし今回、話し合いで支給されることになりました。3年前にさかのぼってバスの定期代の計算で支給されます。しかし、実際は、自転車での通勤でした。距離は6.1ｋｍあります。課税はどのようにされますか。

こんばんわ。
自転車通勤も交通用具通勤になりますので距離により課税額が変わます6.1㎞の場合は4,100までが非課税、これを超えた額が課税通勤費となります。
定期代が4,000であれば全額非課税、10,000であれば4,100は非課税、5,900が課税になります。
実際にバス通勤でしたら全額非課税になりますが実態が交通用具でしたら課税、非課税が発生します。ただし会社がどのように処理するかは会社しだいですが。
蛇足ですが社保加入の場合は通勤費も加算した額で算定されますので社保の控除額が上がる場合もあります。

通勤手当も賃金に含まれるので、賃金の時効が2年(労働基準法115条)であることが、まず、問題になります。
しかし、この点は、会社が入社時に誤った説明をしていたのですから、その点が立証できれば、会社が時効を主張するのは、信義則違反として許されないと解して、救済される可能性があります。
上記の解釈にたって、会社に請求し、それでも支払ってもらえなければ、労働基準監督署に相談するとか、労働審判を申し立てるということが考えられます。
ご質問の通勤手段は労働者個人の権利ですから、どのような方法であれ可能と認められます。ただ、就業規則内にその旨（公共交通機関、マイカー、自転車）を表記しておくことも必要でしょう。

> 就業規則には、通勤手当を支給するの一文がありますが、雇用契約書には、「支給しない」となっております。しかし今回、話し合いで支給されることになりました。3年前にさかのぼってバスの定期代の計算で支給されます。しかし、実際は、自転車での通勤でした。距離は6.1ｋｍあります。課税はどのようにされますか。

所得税法上のご説明はすでにされていますので省かせていただきます。