代休管理について

文意がわかりづらいですが
①　休日出勤した日の取扱が本人に通知もなしに勝手に休日出勤扱いから振替出勤扱いで処理され時間外手当が支払われていない。
②　社員が休暇を取った際に以前の振替出勤日の振替休日として勝手に処理されている。

結論として違法ではないかと思われます。

①については休日出勤の処理をどのように処理をするかの決定権は会社にあると思われますが休日出勤日以前に本人に対し事前に通知しなくてはならない。
私の会社では事前に通知するのがルールでした（もちろん「運用」として事後処理したこともありますがあくまで本人には了解をとっていました）

②については事前に通知していないことだけではなく３～４年前の休日出勤日まで振替をするのは労働時間週４０時間の制約までひっかかる可能性が高そうです。
私の会社では一ヶ月あたりの変形労働時間制でしたので月をまたいだ振替休日・代休は不可でした。

一度監督署などに相談されることをお勧めします。