通勤手当について

第○条　虚偽の届け出、怠慢等により不正に支給を受けた者は、すでに支給を受けた賃金のうち不当な部分、また、賃金計算の結果、過払いが生じた場合は、速やかに返還するものとする。（翌月以降の賃金にて精算する）
というような規定が就業規則（賃金規定）にありませんか？
条件に該当しないにも関らず支給を受けていれば不当利得ですから、返還する義務があります。また故意であれば就業規則の服務規律違反、懲戒事由にも該当することになるのではないでしょうか。
刑法でいえば詐欺罪「人を欺いて財物を交付させた者は、10年以下の懲役に処する」となるのでは。

労災保険の通勤災害については、会社に届けている経路以外でも、これに代替することができる他の合理的な経路であれば、それを理由に不支給となることはありません。
例えば、自転車通勤で届けてあったが雨が降ったのでバスにしたとか、バスで届けてあるが運動不足解消のために自転車で通勤したという場合もＯＫです。当然回り道や寄り道はだめですが。