休暇について

乱暴な言い方するなら、御社の規定どおりにすべきだと思います。

一般的な就業規則だと慶弔休暇などの理由に関しては列挙されていると思いますが、今回の事例などは列挙されていないでしょう。

あとは、年次有給休暇を取得してもらうことにするなどはどうでしょうか？

有給休暇の余りがないなら、仕方がありません。欠勤扱いでしょうね。
働いていない人にいくら労働者に責任が無いとはいえ、それについて会社がわざわざ賃金を払うのも、会社がストについて責任を取るようで、どうかと思います。

ただ、欠勤とするのも従業員に酷という思いがおありならば、特別休暇とするが無給とすれば、次の年の有給休暇の算出根拠には影響は無いでしょう。

会社で働くというのは、労働者は労働力の提供、会社はそれの対価として賃金を支払う。これが守れないなら当然賃金払わない。
雇用というのは双務契約（お互いに権利も義務もあること）を前提に話を進めるべきで、その後の話として、譲歩できるところは譲歩してあげるというスタンスが良いかと思います。

早い解答ありがとうございます。
納得しました！
参考にさせていただきます！！！