給与の誤支給を精算する場合、労働組合との合意は必要か

表題の質問だけに答えれば、不要です。

組合との約定や関係にもよりますが、対象社員が多いならば組合にも事情は説明した方が、良いかもしれません。

組合に説明しようが、従業員にとっては控除されるのですから、説明し支払いについては個別に合意が必要です。会社側のミスで返金ですから、当人の生活に影響が無い条件で返金が必要です。　条件が一律に成らない可能性はあります。

労働組合の合意は不要、返金を分割にするか等については
個別の合意が必要ということですね。

過去へのさかのぼりについて、３年間というは法的に
問題ないでしょうか。労働者が合意しない場合はどの
ように対応すべきでしょうか。

過払い時効の件を忘れていました。

労働者側からの賃金債権の時効は２年ですが、今回は労働者に過払いしていますので、民法の当利得返還請求権（民法第７０３条）に基づきます。
この場合には、判例等から１０年までは可能と思います。（公務員は別）

三年間の請求ですから、それを超える部分は会社は放棄ですよね。　ならば、そのような事実や解釈等も、社員や組合に説明した方が、理解を得やすいと思います。

わかりやすい回答、ありがとうございました。