裁量労働制の給与規定

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裁量労働制には２つの型があり

・専門業務型裁量労働制
・企画業務型裁量労働制

あらかじめ労使協定（企画型は労使委員会の決定）に、日あたりのみなし時間が記載され（あるいは決定され）、労基署に所定様式で届出されています。
みなし時間が法定労働時間（日８時間、週４０時間）を超過する場合は、その分に対し３６協定締結届出、割増賃金が必要です。

裁量労働手当がどういう性格をもたせて設定されるのか不明ですが、給与規定に時数をもりこむなら、上の手順が先ということになります。