エンジニアリングの残業費に付いて

こんにちは、

お立場が明記されていませんが、労務管理（会社側）の立場でしょうか？
それとも、ご自身が労働者なのでしょうか。
とりあえず、労務管理側との前提にて回答します。

恐らくは「裁量労働制」を導入して、時間外労働が無い状態なのだと思います。　その場合には、社内の問題として、非裁量労働との拘束時間に対する賃金のバランスの問題が出てきます。
これは、社内処遇の問題で、法的な問題を回避しようが、必ず起こると思います。労働者自身にも不満は溜まるでしょう。
ですから、すでにお気づきの通り、拘束時間に対する適切な賃金への改善は必要だと思います。

法的には、裁量労働制だろうが、深夜業の割り増しは必要ですし、拘束時間で計算した場合でも最低賃金は守る必要はあります。
ですが、それ以上に社内の賃金アンバランスや、労働者の不満を早急に解消する必要があるように思えます。
匿名の密告により外部からの改善を期待するよりも、まず社内で改善が出来るかを検討されるべきと思いますが。